Pimpinan Fakultas Kedokteran terdiri dari Dekan dan para Wakil Dekan yang berada di bawah pimpinan Universitas Islam Malang. Pengelolaan fakultas secara keseluruhan dijalankan oleh dekanat terkait pelaksanaan penyelenggaraan kegiatan pendidikan di ketiga Program Studi, penelitian, dan pengabdian masyarakat (Tri Dharma Perguruan Tinggi). Selain itu dekanat juga membina civitas akademika fakultas serta membina hubungan dengan alumni, antar fakultas, institusi yang menjalin kerjasama dengan fakultas dan masyarakat. Sedangkan pimpinan di masing-masing Program Studi adalah Ketua dan Sekretaris Program Studi.