Ide pendirian Fakultas Kedokteran Universitas Islam Malang (FK UNISMA) tercetus pada tahun 1995 oleh Alm. KH. Abdurrahman Wahid (Mantan Presiden RI Ke-4). Kemudian, pada tahun 2000, Ketua Dewan Pembina Yayasan Universitas Islam Malang saat itu (yang juga Menteri Agama RI), Alm. Prof. DR. KH. M. Tholhah Hasan bersama dengan Prof. DR. H.M. Aris Widodo, Sp.FK, MS, PhD merealisasikan ide dan pemikiran para ulama Nahdlatul Ulama dengan mendirikan FK UNISMA.
Pada tahun 2005, izin penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Dokter (PPD) UNISMA dikeluarkan oleh Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Budaya. Berikutnya, pada tanggal 14 September 2011, Program Studi Pendidikan Dokter Fakultas Kedokteran diakreditasi oleh BAN PT dan disahkan sebagai Fakultas Kedokteran dengan SK Rektor Nomor 161/L.16/U.IX/2011 tentang Pendirian Fakultas Kedokteran Universitas Islam Malang.
Fakultas Kedokteran Universitas Islam Malang adalah fakultas kedokteran pertama yang berdiri di lingkungan perguruan tinggi Nahdlatul Ulama di Indonesia. Kekhususan FK UNISMA yaitu pengembangan di bidang keanekaragaman hayati dan pemanfaatannya sebagai penunjang pengobatan dan pengembangan tim bantuan medis dalam bencana dan kegawatdaruratan yang berlandaskan keIslaman dan Ahlussunnah wal Jama’ah (ASWAJA).
Fakultas Kedokteran Universitas Islam Malang telah mendapatkan status akreditasi B dari BAN-PT (2011) dan LAM-PTKes (2016). Saat ini terdapat 3 program studi di Fakultas Kedokteran, yaitu Program Studi Pendidikan Dokter, Program Studi Profesi Dokter, dan Program Studi Farmasi.
Serangkaian proses pembelajaran di Fakultas Kedokteran menggunakan kurikulum berbasis pendidikan keIslaman yang terintegrasi sebagai bagian yang tidak terpisahkan bersama dengan Pondok Pesantren Ar-Razi (Pondok Pesantren FK UNISMA). Selain itu, kurikulum pendidikannya juga dicapai melalui penelitian yang inovatif dan kolaboratif serta pengabdian masyarakat dan pengembangan karakter yang diharapkan mampu membentuk penyedia layanan kedokteran yang profesional, humanis, religius, dan moralis.
Di Fakultas Kedokteran Universitas Islam Malang, Anda akan dibimbing oleh para staf pengajar yang berkualitas untuk pencapaian kompetensi berbasis klinis maupun non klinis guna mempersiapkan para penyedia layanan kedokteran dan kesehatan yang cerdas, terampil, mumpuni, dan memiliki nilai-nilai luhur terkait etika profesi.
Kerjasama dengan banyak universitas baik di dalam maupun di luar negeri terkait Tri Dharma Perguruan Tinggi dan pengembangan karakter dan kepemimpinan mahasiswa maupun staf pengajar dilakukan melalui berbagai program pertukaran pelajar, research attachment, pertemuan ilmiah, dan beberapa program akademik serta non akademik lainnya.
Serangkaian organisasi dan kegiatan kemahasiswaan serta program bimbingan konseling dan pengembangan karier juga disiapkan untuk dimanfaatkan guna mendukung mahasiswa secara personal. Hal ini dilakukan agar para mahasiswa mampu memiliki karakter yang cerdas, peduli, energik dan bersemangat baik secara akademik, profesional, maupun personal.